Come tutta l'Indocina, nei millenni più lontani la Cambogia era abitata da popolazioni di ceppo papua-melanesiano e di tipo negroide, apparentate con quelle che ancora vivono nelle isole del Pacifico.
Tra il terzo e il secondo millennio a.C. avvennero massici spostamenti di popolazioni che dalle regioni centrali della Cina si spinsero a Sud.
Erano dei protomalesi cui fecero seguito i protoindonesiani. Intorno al primo millennio si stanziarono nel Nord della attuale Cambogia delle popolazioni di ceppo mon-khmer, che non è una determinazione etnica ma solo linguistica.
Quale fosse la loro origine è ignoto. Erano presenti in una fascia di territorio che dalla Cambogia passa per il Nord della Thailandia, il meridione della Birmania e il Nord-Est dell'India e qui si pensa che ci fosse il loro luogo di origine.
Agli inizi dell'Era cristiana cominciarono a insediarsi sulle coste mridionali della Cambogia dei folti gruppi di marinai e mercanti provenienti dal Sud-Est dell'India e, tra il IV e V secolo, giunsero i clan di guerrieri Kambuja, di originario ceppo iranico.
Furono inevitabili gli incroci etnici fra questi gruppi di origini diverse e questo è il ceppo che ha originato gli attual Khmer che, già intorno al quinto secolo d.C. erano diventati la etnia dominante imponendosi sugli autoctoni e sui gruppi protoindonesiani.
Il loro tipo etnico è ben definito e si differenzia dalle altre popolazioni indocinesi. In sepolture del I secolo d.C. sono stati ritrovati scheletri di 1 metro 70 e anche oggi hanno statura superiore alla media degli altri popoli della regione. Sono di colorito bruno e il volto piuttosto largo è segnato da occhi scuri a mandorla ma non mongolici. Il naso è dritto, in alcuni casi "aquilino", e il mento è marcato.
Questi caratteri non sono però più facilmente riscontrabili in molti Cambogiani di oggi perché nel corso dei secoli gli Khmer si sono incrociati prima con le popolazioni autoctone protoindonesiane poi con individui di ceppo cinese, thai e vietnamita, perdendo così molte delle loro caratteristiche somatiche. Sono comunque tutti assimilati all'etnia khmer che rappresenta ufficialmente il 90 % della popolazione, anche se questa percentuale deve probabilmente essere rivista al ribasso per il forte flusso migratorio, soprattutto di Vietnamiti che sono oggi la più consistente minorità etnica del paese.
Sono tutti di immigrazione piuttosto recente. Il fenomeno ebbe inizio già nel XVI secolo ma ha assunto dimensioni consistenti solo negli ultimi decenni, tanto che alcune stime dicono che oggi i Vietnamiti siano oltre un milione su una popolazione totale di 16.500.000 persone. Questa presenza così consistente crea anche forme di scarsa tolleranza che trae origine da lontani ostici rapporti fra i due popoli. Con tono vagamente dispregiativo alcuni Khmer chiamano oggi questi immigrati Yuan e li accusano di essersi appropriati di molte attività artigianali, commerciali, di piccola imprenditoria e della pesca, attività di cui i Vietnamiti dividono il monopolio con i Cham.
Costoro sono i discendenti degli esuli che nel XVIII secolo fuggirono dal regno del Champa, posto nel centro dell'attuale Vietnam, che crollava sotto la "discesa a Sud" dei Vietnamiti. Si convertirono all'Islam e si dispersero nel paese; molti valicarono la Catena annamitica e si stabilirono in Cambogia dove oggi sono un gruppo etnico di circa 500.000 individui.
Meno consistente è il numero dei cambogiani di origine cinese ma sono loro che detengono il controllo del grande commercio e degli affari. Negli ultimi anni si è manifestata una preoccupante, massiccia immigrazione di Sud-coreani e di Cinesi che detengono una sorta di monopolio degli investimenti in numerosi settori manifatturieri e, soprattutto, immobiliari. Ciò ha costretto il governo cambogiano a mettere in atto delle severe norme sulla concessione dei permessi di lavoro.
Nessun sistematico censimento è stato mai fatto per conoscere il numero di coloro che sono chiamati Khmer leu, cioè i "Khmer che stanno in alto" e che abitano gli altopiani del versante occidentale della Catena annamitica. Sono considerati cittadini khmer a tutti gli effetti, anche se sono di ceppo etnico diverso. Si stima che siano ridotti a non più di 200.000 individui. Sono frazionati in piccole comunità e vivono secondo i costumi ancestrali. Pur essendo chiamati con nomi diversi appartengono tutti alle etnie Jarai, Stieng, Mnong.